Prestasinya di bidang sains dan teknologi terlihat sejak ia bersekolah di SMAN 5 Surabaya.
Kala itu, Ainun berhasil meraih penghargaan honorable mention setelah menjadi anggota tim Indonesia dalam Olimpiade Informatika Asia-Pasifik 2003.
Ainun kemudian melanjutkan pendidikan sarjana di Universitas Teknologi Nanyang (NTU) Singapura, Jurusan Teknik Komputer.***